Tuesday, November 20, 2007

Human PAML Brower

Human gene들에 대한 evolutionary rate을 PAML 패키지를
이용해 계산한 결과를 담은 DB가 공개 되었다.

Human PAML Browser : http://mendel.gene.cwru.edu/adamslab/pbrowser.py

Human gene은 약 22,000~28,000 로 추정되는데,
여기서는 UCSC multispecies genome alignment에
의해 얻어진 ortholog 13,721개에 대한 결과를 담고있다.

PAML을 돌리기 위해 DNA sequence pair, Protein sequence pair
들을 각각 준비해야 하고, computation time도 꾀나 걸린다는
점을 생각해 볼 때, 필요할 때 마다 관심있는 gene의 PAML
결과를 검색할 때 유용할 것 같다.

NAR paper : http://nar.oxfordjournals.org/cgi/reprint/gkm764v1?ck=nck