Wednesday, November 21, 2007

Fun&Co

Article source : Bioinformatics, 23, 2725, 2007

두 그룹의 microarray data set의 functional difference를
비교하고자 할 때 ( e.g. 서로 다른 tissue, disease vs. normal 등)
사용할 수 있는 방법으로 fun&co 이라는 web server가 공개되었다.

Procedure는 아래와 같다.

1. 각 그룹의 intensity를 rank로 변환
2. 가능한 모든pair probe set에 대해 spearman correlation coefficient 계산
3. pair probe set이 동일한 gene을 detection하는 경우가 아닐 때, 연관된 GOmain term을 counting
4. 각 그룹의 counting 된 GO term set을 비교하여, 그룹과 Over-correlated or under-correlated 된 GO 를 선정

다른 방법들과 구분되는 특이한 점이라면,
하나의 GO term을 지칭하는 Pair gene이
correlation되는 경우 연관된 GO term에만
의미를 두었다는 것이다.

이는 multi data set comparision의 경우 몇가지 advantage를 가지는데
1. 각 data set에서 DEG test를 할 필요가 없다는 점
2. 따라서 normal condition에 대한 고려가 필요없는 경우 ( 서로 다른 tissue 비교와 같은 경우), 각 data set에서 관련된 array만 고려하면 된다는 점

등이 된다.