Tuesday, January 19, 2010

Median Rank Score ( MRS ) for cross-platform microarray classification

Patrick Warnat의 논문( BMC bioinformatics, 6, 265 ) 을 읽던 중, Median Rank Score 을 이용한 cross-platform microarray data integration 방법이 있어 정리해 본다.

[Procedure]
  1. 서로 다른 Microarray dataset 두개를 통합하는 경우, n개 array 로 이루어진 datasetA 와 m개 array로 이루어진 datasetB 가 있다고 가정하고, 먼저 둘 중 하나의 dataset을 reference dataset으로 정한다.
  2. Reference dataset의 각 유전자( probeset) 에 대해 median expression value 를 구한다
  3. 유전자에 대한 Median expression value vector를 오름차순으로 sort
  4. Non-reference dataset의 각 array를 expression value를 기준으로 오름차순으로 sort
  5. Sort된 non-reference dataset의 array 의 각 유전자의 expression value를 같은 순위의 reference dataset의 median expression value vector의 값으로 대치한다.

Procedure를 보면 quantile normalization 방법의 기본적인 아이디어와 유사하다는 것을 알 수 있는데, 자연스럽게 MRS 를 이용한 integration 결과도 quantile normalization과 유사하게 서로 다른 range의 expression value를 공통된 range의 expression value로 normalization 하게 된다.