Thursday, July 26, 2007

R에서 heatmap

R을 이용해 heatmap을 그릴 때 label이 표시가 안 될 때가 있다.

microarray data를 읽어온 파일의 경우 '., (, ) ' 등의 특수 문자가 label name 즉 row or column name이 되는 경우에 R에서는 이를 그대로 '.'으로 치환하는데, 이렇게 치환된 name은
heatmap을 그리면 표시가 되지 않을 때가 있다. (정확한 원인은 아직 모른다, 될 때도 있고 안 될 때도 있으니... 이건 뭐...)

label에 표시되지 않는 name의 예 : Control(D)_2

아래 그림 : column에 label이 표기가 빠져있는 heatmap