Wednesday, July 11, 2007

libaffy : Affymetrix processing programe

http://src.moffitt.usf.edu/sf/projects/libaffy

User interface로 손쉽게 가장 널리 사용되는 affymetrix processing 방법 MAS와 RMA를 이용할 수 있는 프로그램. CEL 파일과 CDF 파일을 인풋으로, 아웃풋은 processing된 파일. DEG selection 과 같은 추후 작업 기능은 제공되지 않는다.

R+Bioconductor 에 비해 장점은 메모리를 덜 먹고 약간 빠르다는 것. 수십장의 array의 경우 메모리 문제로 processing이 안 되는 경우가 있는데, 이를 해결해 준다고 논문에 지껄여져 있다.