Thursday, December 18, 2008

Mapping Ensembl to external

Bio data들 간의 Cross-mapping 은 어떤 데이터를 다루든 맨처음 해결해야 하는 문제로, 때때로 골머리를 썩히곤 한다.
Ensembl의 경우 Ensembl 고유의 gene, protein 에 대한 ID를 extermal bio database 들과 mapping 시켜주는 서비스를
Biomart라는 툴을 통해 제공하고 있다.

Biomart at Ensembl : http://www.ensembl.org/biomart

사용법은 위의 url 에 연결된 biomart 홈페이지에 가서 원하는 ensembl genome data와 필요한 external database를
선택하고, 결과 파일을 다운 받으면 된다.