Monday, June 18, 2007

Bioconductor package에서의 DEG finding method 사용시 유의 사항

다양한 DEG finding method들이 존재하지만, 이들 방법론들이 기본적으로 가정하는 내용들은 서로 다르다. 따라서 특정 method에서 원하는 가정을 했던 경험을 바탕으로 다른 method들에서도 같은 가정을 전제한다고 생각한다면 원치않는 잘못된 결과를 얻게 된다.

Package DEDS의 경우

Fold change=mean(Ms)-mean(Mc)

의 공식으로 계산된다. 여기서는 각 Microarray intensity가 이미 log계산을 거친 값이라고 가정하고 있으므로, log(Ms/Mc)의 fold change값을 얻게 되지만, normalization method에 따라 log 계산을 거치지 않은 경우도 많으므로 data type의 check와 각 계산법의 가정의 체크가 필요하다